國防專利與普通專利的主要區別：一是受理和審查機構不同。普通專利由國家知識產權局受理和審查，國防專利由總裝備部國防知識產權局受理和審查，具體工作由國防專利審查中心承擔。二是類型不同。普通專利有發明、實用新型和外觀設計三種類型，國防專利只有發明一種類型。三是申請要求不同。國防專利申請有保密要求，即申請國防專利的發明創造，應當是保密的，但絕密級發明不得申請國防專利。四是專利代理要求不同。委托專利代理機構申請國防專利的，必須委托總裝備部國防知識產權局指定的34家國防專利代理機構。

（參見2004年9月國務院、中央軍委令第418號《國防專利條例》）